Sau khi lên ngôi, Napoleon III nắm trọn các quyền hành chính, lập pháp và tư pháp. Ông thường giải quyết những việc quan trọng thông qua các người thân cận theo hầu riêng ông và phái phe quân sự theo dõi, giám sát các quan chức để mật báo tình hình. Ông xây dựng bộ máy nhà nước quan liêu cồng kềnh mang tính chất quân phiệt; ông mở rộng quân đội từ 400 000 lên tới 600 000 quân, còn xây dựng mạng lưới mật vụ giám sát chặt chẽ mọi hành vi của các quan chức. Ông nghiêm cấm các hoạt động xuất bản, mít-tinh, tự do lập hội, xóa bỏ các câu lạc bộ có tính chất chính trị,... Một chủ xưởng chỉ vì sơn cửa màu đỏ mà bị cảnh sát truy cứu hình sự. Napoleon III có quan điểm cơ hội về tôn giáo. Ông lợi dụng giáo hội Công giáo làm công cụ tinh thần để cai trị nhân dân. Dự toán chi phí về tôn giáo năm 1868 chiếm 20 lần dự toán kinh phí cho giáo dục. Đến những năm cuối của đế chế, trong 730 người dân thì có 1 giáo sĩ; số giáo sĩ lên tới hàng vạn đã khống chế trường học, các cơ quan tố tụng, cả ở thành thị và nông thôn, bị mọi người chán ghét gọi họ là Tên ăn cắp mặc áo đen". Những hành động ngang ngược của ông đã khiến giai cấp tư sản và nhân dân vô cùng bất mãn.

Trong năm đầu của Đế chế, nhiều vụ ám sát Hoàng đế đã xảy ra. Tháng 1 năm 1858, 4 người yêu nước Italia, do Felice Orsini chỉ huy, đã dùng đánh bom chiếc xe ngựa mà ông ta đang ngồi, suýt nữa thì Hoàng đế mất mạng. Đứng trước sự bất mãn và chống đối, từ năm 1859, ông thay đổi sách lược chính trị, thực hiện một số biện pháp nhượng bộ về quyền tự do dân chủ, tuyên bố đại xá,... Nhưng "tự do hóa" không phải là ý vốn có của ông. Ông công khai nói: "Trong Chính phủ của Trẫm, bất kể người nào đều không thể vạch kế hoạch cho ta... Một chiếc mũ không thể có hai cái đầu cùng đội". Có thể thấy nhượng bộ chỉ là một sự lừa gạt.